Als een aanvraag binnen is controleert een medewerker van het fonds of deze volledig is ingevuld en of de gevraagde bijlagen zijn meegestuurd. Als dit niet het geval is, kan aan u gevraagd worden aanvullende informatie te leveren. Vervolgens wordt de aanvraag getoetst aan de voorwaarden die gesteld worden in de Toelichtingen bij de deelregelingen en in de algemene voorwaarden. Als een aanvraag aan alle formele voorwaarden voldoet, wordt deze in behandeling genomen en ter beoordeling voorgelegd aan deskundige adviseurs voor een inhoudelijke beoordeling. Daarbij is kwaliteit het belangrijkste criterium. Verder wordt onder meer gelet op presentatieplannen die het werk zichtbaar maken voor een passend publiek.

Adviseurs
De adviseurs worden geworven via een open sollicitatieprocedure en op voordracht van een onafhankelijke selectiecommissie. De adviseurs zijn deskundigen, zoals beeldend kunstenaars, beschouwers, critici, tentoonstellingsmakers, conservatoren en verzamelaars uit binnen- en buitenland. Zij beschikken over een gedegen kennis van de hedendaagse beeldende kunsten of cultureel erfgoed of andere specifieke deskundigheid. Elk jaar komen er nieuwe adviseurs bij en vallen er adviseurs af wier termijn erop zit.  De adviseurs vergaderen in een commissie onder leiding van een voorzitter. De namen van de adviseurs staan vermeld op de website van het fonds.

Werkwijze adviescommissie
Adviseurs ontvangen ter voorbereiding van de vergadering een digitale kopie van het aanvraagformulier, (visueel) documentatiemateriaal en andere bijlagen. Zij krijgen in het geval van individuele aanvragen geen inzage in de inkomensgegevens van aanvragers.
De aanvragen worden beoordeeld aan de hand van het aanvraagformulier en de documentatie. Eventuele visuele documentatie wordt tijdens de vergadering nog een keer op schermen door de adviseurs bekeken. De adviescommissie oordeelt op basis van de criteria zoals die in alle Toelichtingen staan onder het kopje ‘Hoe wordt beoordeeld’.
Als tijdens de vergadering blijkt dat de commissie niet voldoende duidelijkheid heeft verkregen, kan zij besluiten aanvullende informatie op vragen of, in het geval van een kunstenaarsaanvraag, een atelierbezoek afleggen. In het buitenland worden geen atelierbezoeken afgelegd.

Besluit
De adviescommissie adviseert het bestuur van het Mondriaan Fonds over het al dan niet toekennen van een bijdrage. Het bestuur kan geen bijdrage toekennen zonder positief advies van de adviescommissie. Nadat het bestuur van het Mondriaan Fonds het advies heeft bekrachtigd, ontvangt de aanvrager binnen een week schriftelijk bericht.

Aanvragers moeten rekening houden met een totale behandeltermijn van maximaal drie maanden vanaf het moment dat de aanvraag volledig is ingediend.